沪深两市港股通区别主要在于：
1.所需账户不同：沪港通下的港股通使用沪A账户交易，深港通下的港股通使用深A账户交易；
2.港股标的不同：深市港股通股票范围是在现行沪市港股通标的基础上，新增恒生综合小型股指数的成份股（选取其中市值50亿元港币及以上的股票），以及同时在香港联合交易所、深交所上市的A＋H股公司股票；
3.结算汇率不同：深、沪结算分公司独立换汇，换汇机制相同，每日参考汇率完全一致，但是由于沪深两所交易量不同，按照买卖轧差摊分成本后，汇率分摊至投资者可能存在较小差异；
4. 存管方式不同：沪港通下的港股通参照沪A指定交易，深港通下的港股通使用深A转托管方式。
